だが帰る

少し空きましたが更新します。

今日、PLOS ONEに投稿していた論文がようやくアクセプトになりました。
この雑誌では、査読自体は決して速くはなかったんですが、査読コメントが良くも悪くもさっぱりしていますよね。
他の雑誌では査読者の主観的な意見の押しつけみたいなのがあってその対応に苦慮することもよくあるんですが、このジャーナルではそういう面での苦労はなさそうな気がします。
今回に関しては、すでに何回か他のジャーナルにリジェクトされ改訂した後だったとはいえ、ごく簡単な改訂で済んだので割とラッキーでした。
とはいえ、欲を言えば、もっと良いところに載せたかった仕事ではあるんですが、前の論文みたいに延々と投稿＆改訂を繰り返していても時間の無駄になってしまうので仕方ないかなと。
論文の内容は、すぐオンライン版が出るでしょうからここでは多くは語りませんが、キノコのフェノロジーを30年間にわたって調べたというないようです。
調査自体は私がやったわけではなくて（一部手伝っていますけど）、幼菌の会という京都のアマチュア菌類研究会の方々が長年調べたデータを解析させてもらったというものです。
要するに論文を書いた私よりも、調査してさらにそういう貴重なデータを残しておられた方々が素晴らしいという仕事です。
PLOS ONEはオープンアクセスなのでだれでも無料にみることができるんで、もしオンライン版が出たら暇な方は読んでみてください。

そういえば、この間、少年ジャンプに久々に荒木先生の読み切りが掲載されていましたね。
一言で言えば、岸辺露伴がトウモロコシを食べる漫画です。

読み切りの内容解説について、『再トライ』なさいますか？
だが寝る！

我が心とジョジョネタに一点の曇りなし....すべてが『正義』だ

今日は久々に包丁さばきをミスって指に怪我をしました。
何か最近疲れているような気がする。

さて、スタート支援の交付額が決定したみたいです。
申請額よりも数割減ではあるけど、このくらいならまだましな方なのかなぁ。
間接経費が結構な額あるんですけど、今の所属では、何割かは戻ってくるらしい（ちなみに、理学研究科の場合だと、すべて理学に吸収されるらしい）。
とりあえず、今は微妙に減らされた交付額をどのように割り振るかを悩んでいるところです。

ちなみに、余談ではありますが、スタート支援と言えば、私の身の回りでは、スタート支援の応募資格を知らず知らずのうちに喪失していた人もいたらしいです。
スタート支援の応募資格は、研究者番号を取得した直後・・・というわけではなくて、研究者番号を取得する権利が発生した直後ということらしいです（その他例外はあり）。
つまり、スタート支援への応募を温存するため、研究者番号を取れる身分の状態であえて研究者番号を取らずにいたとしても、結局、不戦敗になってしまい、無駄無駄無駄無駄無駄無駄無駄ァッ―――――というということ。
この話を聞いた時には、思わぬ落とし穴があるんだなぁと思いました。
かくいう私自身もこのことを最初知らなくて、応募締め切り直前に事務の方から教えてもらって、大急ぎで申請書を書き上げたんですけどね。

それでは、眠いんで寝ます。
スピードワゴンはクールに寝るぜ。

酢

この間、PNASに出した論文ですが、ダメでした。
2週間ほど、Editorial boardで止まっていたので、ひょっとしたら査読者を探しているのかなとも期待していたんですが、そうでもなかったみたいです。
エディターからのコメントは「この論文で使っているモデリングは確かに面白いけど、結果自体にはさほど意外性がなく、もう一つインパクトが足りない」ということでした。
まぁ似たような批判を受けたことはあるので、別に驚きはしませんが、エディターの興味を引くのは思っていたよりも難しいことだなと思いました。
しかし、これくらいのコメントを書くだけであれば、先週のうちには原稿を返してほしかったなぁ・・・

で、次はどこに投稿しようかで悩んでいます。
今のところ、Ecology LettersとかProceedings of the Royal society Bか、あるいはBMC BiologyかPLos Oneか。
より専門誌っぽいのを想定すれば、Moleular EcologyとかNew PhytologistとかJournal of Biogeographyとかになりますかねぇ。
何かどれもしっくり来てないんですけどね。
マクロ生物の論文を投稿できる雑誌って選択肢がけっこう限られているような気がするんですが、みなさんこういうときにはどうしているんでしょうね。
まぁ早いうちに再投稿しようかなと思います。

ゴゴゴゴゴゴゴゴゴゴ

『キングクリムゾン』の能力の中では、この世の時間は消し飛び……
そして全ての人間は、この時間の中でブログが更新されてもその内容を覚えていないッ！
（元ネタが分からない人は今すぐこの教科書を買って読んでください。）

・・・・というわけで、2か月ほどブログの時間が消し飛びました。
決してブログの更新をさぼっていたわけではありません。あしからず。

先日まで、また屋久島に行っていました。
主にメタゲノム（メメタァゲノム）のためのサンプル収集（菌根、土壌、木材）をしていました。
終盤には休暇を取って、山登りをしていたりもしましたが。
涼しくなるとサンプリングがはかどってよいですね。
私はいつも真夏にサンプリングをやっていたので、この時期にサンプリングをするとこんなにも楽ちんなんだということに初めて気づきました。
まだこれから実験が大変なんですが、とりあえずサンプリングまでは順調に終わってよかったかなという感じです。

最近、以前に投稿していた新種記載の論文がアクセプトになって、もう少しでオンラインで見られるようになりました。
小ネタなのでさっくり載せるつもりで書いた論文でしたが、わけのわからないことを言う査読者に当たったせいで思ったよりも労力を割いてしまいました。
幸い、エディターは理解があったようで、リバイス原稿を送ってから数日で査読者に回すことなくアクセプトにしてくれたので、事無きを得ましたが。
時間のロスがありましたが、系統解析を再度勉強しなおす機会にはなったので、長い目で見れば悪くはなかったかもしれませんね。

ベイズ法でキノコの分布・分散パターンの推定した論文は先日、ようやく投稿しました。
投稿先はいろいろと迷った挙句、PNASにしました。
データの方はもう少し早い段階でそろっていたのですが、どういう話の展開に持っていくのがよいか迷ったため、少々遅れた感じです。
結局、体サイズの小さい生物（細菌・原生生物などの微生物）は汎世界的な分布に近い分布をもっているのではないかという有名な仮説があって、それに絡める感じの展開にしました。
菌類だけの話にすると、専門誌に出せって言われてしまいますからね。
この論文はサンプルのシークエンスを読んだあとで思いついたネタなのですが（褒められた行為ではないですね）、それにしては良い感じで話の展開を作れたかなという気はしています。
手法論的には間違いなく斬新ですから、うまく相性の良いエディター・査読者に当たってくれれば、それなりに評価はされるんじゃないかなと期待しています。
せいぜい、エディターリジェクトの憂き目にあわないことを祈っています・・・

ちなみに、以前の日記で迷っていたモデル選択についてですが、A・T氏の勧めもあってベイズファクターでやってみました。
これが最適な方法かどうかはわかりませんが、比較的容易にできる方法ですからね。
あと、'reversible jump MCMC'というのも見つけて、これが最も良いかと思ったのですが、結局、WinBUGSで謎のエラーにはまり続ける羽目になり、時間が惜しかったのであきらめました。
'reversible jump MCMC'というのは、パラメーター次元を任意に変えながらMCMCをしていく方法です（通常のMCMCでは、パラメーターの次元は固定されています）。
これぞ最尤法では実現できないベイズならではの方法って感じがします。
なので、この方法を使えば、モデル選択を切り離して行う必要がないかなと思ったのですが・・・
うまくいかなかった原因としては、'reversible jump MCMC'をやるには私の使っているモデルが複雑すぎたのかなという気がしています。
それに、まだこの方法を使ったいる人が少ないので、トラブルシューティングが充実していないというのも痛かったですね（私のやり方がまずかったのか、バグなのかもよくわからないですし）。
この方法についてはまた別の機会にでも使ってみようかなと思います。

かかったなアホが！

今日は454FLXにかける菌根サンプルのDNA実験をやっておりました。
昨日書いた論文の話も急がないとまずいのですが、こちらの方もランの予定がおおよそ決められているので、8月中にはサンプルをほぼ用意しておかないといけないという事情があったりします。
今回の実験では、やたらと硬くて砕けにくい菌根サンプルのDNA抽出をどうするかで迷っていたのですが、ディープフィリーザーで冷凍してからビーズで破砕するという手法をとってみることにしました。
そうしたら、これまで砕けなかったのが嘘のように、見事、菌根サンプルをほぼ完璧に砕くことが出来ました。
中々すばらしい方法だなと思い、「このToadstoolがこの方法の名づけ親（ゴッドファーザー）になってやるッ！そうだな…『冷凍後、粉々にくだける！』という意味で『ダイアーさん法』というのはどうかな」と思っていたりしたんですが・・・落とし穴がありました。
サンプルが破砕できたのはよかったんですが、チューブまで破壊されていました・・・
プラスティック部分も冷凍すると壊れやすくなるんですねぇ・・・
まさに「かかったな！アホが！」って感じでした。

今日は主にDNA実験をやっていたのでさほど時間がなかったですが、昨日の続きを多少やりました。
ベイズの方は元のランをそのまま続けておいたら、750万世代を超えた辺りでようやくすべてのパラメーターが1つの山に収束しはじめてきたみたいで、もうちょっとだけ解析を続けたら何とか許容範囲のESSが得られそうな感じになりました。
Dirichlet parameterをいじった方のランはいまいちうまくいっていませんでしたが、デフォルトのランでうまくいきそうなんでこっちはもうよいかなって感じです。
CONCATERPILLARの方はまだ試せていません（そして十分に理論を理解できていません＾＾；）。
まぁ時間が許せば使ってみたいと思います。
それにしても、AU testやSH testで領域間の不調和の検定をするのって本当に正しいのだろうかというのが相変わらず気になっています。
異なる領域ごとで特定のクレードが同様に支持されるかどうかという意味でこれらの検定を使うのならば理解できますが、領域間を結合して系統解析してよいかどうかの判定に使ったりしてよいのだろうかと。
AU testやSH testはILD testと違って、あくまで系統樹を比較するための検定のはずなので、データセット間の不調和を検定するのは違和感を覚えるんですよね。
そういう意味では、最節約ベースで気持ち悪いとは言え、ILD testの方に分があると言えるのかもしれません。
まぁ深く勉強した上で発言しているわけではなく、あくまで直感的な印象として語っているだけではありますが。