み… 見てください！ Toadstoolの表情を！ 眼がうつろですッ

最近、面倒なことを先送りにしていたせいで、いろいろと雑用がたまってきました。
今週中にはいろんな雑用を片付けたい・・・

といいながらも、今日は、リジェクトになった論文の再投稿を進めていました。
迷った挙句、投稿先は、Ecology Lettersにしてみることに。
今回の研究はベタな生態学では間違いなくないのでどうかと思ったりもしたんですが、調べてみたら比較的興味が近そうなエディターが何人かいたので、ここでもありかなと。
とりあえず、前回みたいにエディターと興味が合わなくて門前払いをされる可能性は低くなるかもしれませんが、より専門性の高いジャーナルである分（その割にIFはやたらに高いですが）、より厳しい突込みがくるかもしれませんね。
まぁ結局、どのジャーナルをとっても一定のリスクがあることには違いないので、深く考えても仕方ないんですが。
しかし、これに落ちたら次は・・・とかつい考えていたりしますが、それを考えている時点ですでに弱気になっているってことでしょうね。
ポスドクになってからこんなことを言っているのもなんですが、評価の高い雑誌に論文を載せるってのはやはり大変なことなんだなぁってつくづく思いました。

そういえば、政策コンテストで文科省が提唱した若手研究関連の予算はすこぶる評価が悪かったみたいですね。
大衆迎合的な方面を突っ走る民主党が評価すれば、こういった素人には意義のわかりにくい予算の評価が悪くなるってのは目に見えていたわけではありますが。
国民目線といえば聞こえはよいですが、結局のところ、ただ単に専門的知識をなくして考えるということになってしまっていますよね・・・
結局、総合科学技術会議の優先度判定では若手関連の予算は低い評価にはならないでしょうから、また相殺される形になるんですかねぇ。
そうなれば、現在保留されている新規採用の学振PD枠も現状維持くらいにはもっていけるかもしれませんが・・・
自民党時代からそうですが、政府の失政のしわ寄せが努力はしているけど社会的立場の弱い人たちにいく（そして誰も責任を取らない）ってのは何ともやりきれないものを感じますね。
 

酢

この間、PNASに出した論文ですが、ダメでした。
2週間ほど、Editorial boardで止まっていたので、ひょっとしたら査読者を探しているのかなとも期待していたんですが、そうでもなかったみたいです。
エディターからのコメントは「この論文で使っているモデリングは確かに面白いけど、結果自体にはさほど意外性がなく、もう一つインパクトが足りない」ということでした。
まぁ似たような批判を受けたことはあるので、別に驚きはしませんが、エディターの興味を引くのは思っていたよりも難しいことだなと思いました。
しかし、これくらいのコメントを書くだけであれば、先週のうちには原稿を返してほしかったなぁ・・・

で、次はどこに投稿しようかで悩んでいます。
今のところ、Ecology LettersとかProceedings of the Royal society Bか、あるいはBMC BiologyかPLos Oneか。
より専門誌っぽいのを想定すれば、Moleular EcologyとかNew PhytologistとかJournal of Biogeographyとかになりますかねぇ。
何かどれもしっくり来てないんですけどね。
マクロ生物の論文を投稿できる雑誌って選択肢がけっこう限られているような気がするんですが、みなさんこういうときにはどうしているんでしょうね。
まぁ早いうちに再投稿しようかなと思います。

軟骨がうめぇんだよ軟骨が！

分布推定の論文が一応、片が付いたので（いつレスポンスが返ってくるかわかりませんけど）、最近は次のことをやっています。
いくつかやっていますが、最初に論文にしようと思っているのが、キノコの種構成の変遷を長年調べたデータについてです。
これは私が調査を行ったわけではなくて（私もごく一部貢献していますが）、京都のアマチュアキノコ会の方々が30年ほどかけていつの調査地でキノコの採集リストを作っていまして、その膨大なデータを使わせてもらっている感じです。
一応、最近統計もいろいろ覚えたので、キノコの種構成に影響を与えている要因は何なのかということなどを調べてみているところです。
それなりには結果は出てきて傾向はわかって来たんですが、まだ何となく物足りない感じです。
「これだけのデータがあるんだから言えることはもっとあるはずでは・・・？」という気持ちと、「ごちゃごちゃいろんな解析を1つの論文に入れると焦点がぼやけてリジェクト率があがるだけかも」という気持ちで少し揺れています。
1年あたりに出す論文の多い人はこの辺のことでぐだぐだ迷っているタイムロスが短いのかもしれませんね。
まぁ何にしろ、このデータは前の分布推定の論文に比べたらはるかにまとめやすい内容なので、遅くなりすぎない程度に対応したいなと思います。
投稿先は今のところ、PLos Oneを考えています。
他のところでもよいのですが、とりあえず、菌類の専門雑誌は避けることにします（IFが低い上にうるさいだけなんで）。

そういえば、鋼の錬金術師の最終巻がとうとう出ましたね。
コンビニで売っていたので買って読みました。
最後の落としどころをどうするのかと思っていましたが、中々きれいな形で終わらせましたね。
27巻続いた割には、ストーリーや世界観に矛盾が少なく、ガンガンに載せているにはもったいないほどの良作でした。
ジョジョは絵柄のせいか好き嫌いが分かれますが（嫌いな人の大半は単なる食わず嫌いだと思いますが）、鋼の錬金術師は比較的幅広い層に好かれる漫画かなと思います。
終わって残念ではありますが、編集者の都合で無理やり続けさせられてグダグダになるよりはスマートに終わってくれた方がよかったかなという気はします。

ゴゴゴゴゴゴゴゴゴゴ

『キングクリムゾン』の能力の中では、この世の時間は消し飛び……
そして全ての人間は、この時間の中でブログが更新されてもその内容を覚えていないッ！
（元ネタが分からない人は今すぐこの教科書を買って読んでください。）

・・・・というわけで、2か月ほどブログの時間が消し飛びました。
決してブログの更新をさぼっていたわけではありません。あしからず。

先日まで、また屋久島に行っていました。
主にメタゲノム（メメタァゲノム）のためのサンプル収集（菌根、土壌、木材）をしていました。
終盤には休暇を取って、山登りをしていたりもしましたが。
涼しくなるとサンプリングがはかどってよいですね。
私はいつも真夏にサンプリングをやっていたので、この時期にサンプリングをするとこんなにも楽ちんなんだということに初めて気づきました。
まだこれから実験が大変なんですが、とりあえずサンプリングまでは順調に終わってよかったかなという感じです。

最近、以前に投稿していた新種記載の論文がアクセプトになって、もう少しでオンラインで見られるようになりました。
小ネタなのでさっくり載せるつもりで書いた論文でしたが、わけのわからないことを言う査読者に当たったせいで思ったよりも労力を割いてしまいました。
幸い、エディターは理解があったようで、リバイス原稿を送ってから数日で査読者に回すことなくアクセプトにしてくれたので、事無きを得ましたが。
時間のロスがありましたが、系統解析を再度勉強しなおす機会にはなったので、長い目で見れば悪くはなかったかもしれませんね。

ベイズ法でキノコの分布・分散パターンの推定した論文は先日、ようやく投稿しました。
投稿先はいろいろと迷った挙句、PNASにしました。
データの方はもう少し早い段階でそろっていたのですが、どういう話の展開に持っていくのがよいか迷ったため、少々遅れた感じです。
結局、体サイズの小さい生物（細菌・原生生物などの微生物）は汎世界的な分布に近い分布をもっているのではないかという有名な仮説があって、それに絡める感じの展開にしました。
菌類だけの話にすると、専門誌に出せって言われてしまいますからね。
この論文はサンプルのシークエンスを読んだあとで思いついたネタなのですが（褒められた行為ではないですね）、それにしては良い感じで話の展開を作れたかなという気はしています。
手法論的には間違いなく斬新ですから、うまく相性の良いエディター・査読者に当たってくれれば、それなりに評価はされるんじゃないかなと期待しています。
せいぜい、エディターリジェクトの憂き目にあわないことを祈っています・・・

ちなみに、以前の日記で迷っていたモデル選択についてですが、A・T氏の勧めもあってベイズファクターでやってみました。
これが最適な方法かどうかはわかりませんが、比較的容易にできる方法ですからね。
あと、'reversible jump MCMC'というのも見つけて、これが最も良いかと思ったのですが、結局、WinBUGSで謎のエラーにはまり続ける羽目になり、時間が惜しかったのであきらめました。
'reversible jump MCMC'というのは、パラメーター次元を任意に変えながらMCMCをしていく方法です（通常のMCMCでは、パラメーターの次元は固定されています）。
これぞ最尤法では実現できないベイズならではの方法って感じがします。
なので、この方法を使えば、モデル選択を切り離して行う必要がないかなと思ったのですが・・・
うまくいかなかった原因としては、'reversible jump MCMC'をやるには私の使っているモデルが複雑すぎたのかなという気がしています。
それに、まだこの方法を使ったいる人が少ないので、トラブルシューティングが充実していないというのも痛かったですね（私のやり方がまずかったのか、バグなのかもよくわからないですし）。
この方法についてはまた別の機会にでも使ってみようかなと思います。

屋久島行っていました

ここ10日間ほど、京大の実習で屋久島に行っておりました。
今回は地元の方からの依頼もあって、屋久島の老齢林・二次林・スギ人工林の間で菌類（キノコ）の多様性の違いを評価するということで実習をやりました。
毎度のことながら、フィールド実習だけでまがいなりとも結果を出すというのに四苦八苦しましたが、何とか無事終わりました。
ちょっと前に覚えたEstimateSの多様性評価の解析がけっこう役に立ちました。
それにしても、今回は今までの実習の中でも疲労度が一番大きかったですね。
台風の影響もあって天候は毎日雨続きで、しかも調査地にはヒルがたくさんいて、調査環境としては最悪でした。
また、妙に小型のキノコがたくさん採れて形態種の同定作業がかなり難航しました（学生に同定をまかせたらかなり間違うだろうし、エンドレスになるんで、私がやりました）。
おまけに同時並行で多様性評価の解析方法とかも教えないといけなかったので、さすがに限界を感じました（実習直前まで別ごとに追われていて、レジュメ等を用意できていなかったのもいけなかったんですが）。
やっぱり、次回からは講師の数を増やしてもらった方がよいなと強く感じました。
今回は、参加してくれた学生らがみな意欲的で優秀だったのが唯一の救いでしたね。
必要最低限の指示で、自分で考え、動いてくれるのは本当にありがたい・・・
ちなみに、来週の月曜から、早速今回取ったサンプル（土壌サンプル）のDNA解析を行う実習が始まります。
まだ疲労が取れていないのでちょっとつらいですが、学生の方たちも熱心なので、何とか私もがんばろと思います。

ところで、最近は出している公募がことごとく落ちているので（といってもそんなに出していないですが）、軽くへこんでいます。
具体的にどこだとは言えませんが、とても魅力的な環境でぜひとも採ってもらいたいという公募もあれば、仮に選べるならばまずここは選ばないなというところの両方出しています。
前者の方はたとえ望み薄でも落ちた時は結構本気で落ち込みました。
後者の方は落ちた時は腹立たしいですが、行かなくて済んだというホッとした気持ちもあって、複雑な心境になりました。
前者と後者で敗因は別だと思っていますが、自分としての今反省すべき点は、業績が伸び悩んでいることかなと思います。
学振に通って以来、結構積極的に新しいテーマに取り組んでいっているので、今はその反動かなと理解してはいるんですが、論文が止まるとさすがにちょっと焦りだしますね。
今年度はなんとかたまりにたまっている論文を吐き出していければなと思っています。
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「おれたちポスドクは！論文を書くと思った時には！すでに行動は終わっているんだ！だから、論文を書くなんて言葉は使ったことがねぇ！成長しろ、Toadstool！でなければおれたちは栄光をつかめねぇ！」という突っ込みを受けそうなコメントをあえて書きました。