ゴゴゴゴゴゴゴゴゴゴ

『キングクリムゾン』の能力の中では、この世の時間は消し飛び……
そして全ての人間は、この時間の中でブログが更新されてもその内容を覚えていないッ！
（元ネタが分からない人は今すぐこの教科書を買って読んでください。）

・・・・というわけで、2か月ほどブログの時間が消し飛びました。
決してブログの更新をさぼっていたわけではありません。あしからず。

先日まで、また屋久島に行っていました。
主にメタゲノム（メメタァゲノム）のためのサンプル収集（菌根、土壌、木材）をしていました。
終盤には休暇を取って、山登りをしていたりもしましたが。
涼しくなるとサンプリングがはかどってよいですね。
私はいつも真夏にサンプリングをやっていたので、この時期にサンプリングをするとこんなにも楽ちんなんだということに初めて気づきました。
まだこれから実験が大変なんですが、とりあえずサンプリングまでは順調に終わってよかったかなという感じです。

最近、以前に投稿していた新種記載の論文がアクセプトになって、もう少しでオンラインで見られるようになりました。
小ネタなのでさっくり載せるつもりで書いた論文でしたが、わけのわからないことを言う査読者に当たったせいで思ったよりも労力を割いてしまいました。
幸い、エディターは理解があったようで、リバイス原稿を送ってから数日で査読者に回すことなくアクセプトにしてくれたので、事無きを得ましたが。
時間のロスがありましたが、系統解析を再度勉強しなおす機会にはなったので、長い目で見れば悪くはなかったかもしれませんね。

ベイズ法でキノコの分布・分散パターンの推定した論文は先日、ようやく投稿しました。
投稿先はいろいろと迷った挙句、PNASにしました。
データの方はもう少し早い段階でそろっていたのですが、どういう話の展開に持っていくのがよいか迷ったため、少々遅れた感じです。
結局、体サイズの小さい生物（細菌・原生生物などの微生物）は汎世界的な分布に近い分布をもっているのではないかという有名な仮説があって、それに絡める感じの展開にしました。
菌類だけの話にすると、専門誌に出せって言われてしまいますからね。
この論文はサンプルのシークエンスを読んだあとで思いついたネタなのですが（褒められた行為ではないですね）、それにしては良い感じで話の展開を作れたかなという気はしています。
手法論的には間違いなく斬新ですから、うまく相性の良いエディター・査読者に当たってくれれば、それなりに評価はされるんじゃないかなと期待しています。
せいぜい、エディターリジェクトの憂き目にあわないことを祈っています・・・

ちなみに、以前の日記で迷っていたモデル選択についてですが、A・T氏の勧めもあってベイズファクターでやってみました。
これが最適な方法かどうかはわかりませんが、比較的容易にできる方法ですからね。
あと、'reversible jump MCMC'というのも見つけて、これが最も良いかと思ったのですが、結局、WinBUGSで謎のエラーにはまり続ける羽目になり、時間が惜しかったのであきらめました。
'reversible jump MCMC'というのは、パラメーター次元を任意に変えながらMCMCをしていく方法です（通常のMCMCでは、パラメーターの次元は固定されています）。
これぞ最尤法では実現できないベイズならではの方法って感じがします。
なので、この方法を使えば、モデル選択を切り離して行う必要がないかなと思ったのですが・・・
うまくいかなかった原因としては、'reversible jump MCMC'をやるには私の使っているモデルが複雑すぎたのかなという気がしています。
それに、まだこの方法を使ったいる人が少ないので、トラブルシューティングが充実していないというのも痛かったですね（私のやり方がまずかったのか、バグなのかもよくわからないですし）。
この方法についてはまた別の機会にでも使ってみようかなと思います。