コタツが燃えた

そろそろ訪問する人がいなくなってきた当ブログですが、久々に更新します。

先日のことですが、下宿でコタツに入っていたら、突然コードがショートしてそこから発火しました。
幸い、すぐに気づいて火を消したので大事には至りませんでしたが、コタツの一部が焦げてしまいました。
コードは完全にいかれてしまったので、コードを新調するまではコタツなしの生活になりそうです。
寒い・・・
それなりに痛いですが、チンチロリンに夢中になるあまり家が燃えていても気づかなかった漫画家の人もいるくらいですから、大した被害が出なくてよかったというべきでしょうか。

最近はWinBugsというソフトウェアを使ったベイズ解析をやっています。
扱っているのは前にリジェクトになった屋久島のキノコ論文のデータなんですが、このデータにベイズの階層モデルを導入して統計をすれば飛躍的に論文がよくなるような気がしたので、ここ最近はずっとベイズの勉強とWinBugsの勉強をしていました。
私は一応、分子系統をそこそこ扱っているので、ベイズ法に関する最低限の知識はありましたが、勉強不足には違いなかったので、基本的なところから勉強しなおしました。
WinBugsの使い方に関しては『生態学のためのベイズ法』という本を参考にして勉強しました。
私自身が前知識が少なかったせいもありますが、ベイズの理論もWinBugsの使い方もかなり敷居が高くて苦労しました（WinBugsはRを使い慣れた人やプログラミングの知識がある人ならまだ敷居が低いのかもしれませんね）。
色々とごちゃごちゃやっていたんですが、とりあえず、ようやく目的としたモデルの設計や解析が行えるようになってきました（ここまでが永かった・・・）。
といっても、まだようやくそれらしい形になってきたばかりなので、まだまだ改善の余地はあるんでしょうけどね。
本音ではこういうの詳しい人がいたらアドバイスをもらいたいくらいです。
それにしても、WinBugsを使った統計はけっこういろんな事象に対して扱えそうですね。
博士論文に書いた内容でどうしても痒いところに手が届かなかったデータがあったのですが、WinBugsを使えば統計できるかもなという気がしました。
ただ、WinBugsでちょっと気になったのがMCMCの収束判定なんですが、調べてみた限りでは絶対的な指標はないような気がするのですが、どうなんでしょうね。
まぁ別に深く気にすることではないのかもしれませんが。

舌噛んだ

ブログを閲覧しているジョジョオタのみなさん、こんにちは。
早いもので今年ももう終わりです。
私は本日から実家に帰省する予定です。
来年は４日から復帰しようかなと言うところです。
手術の傷ですが、まだ完治はしていませんが、ほぼ痛みがなくなってきました。
口内炎の方もようやく治ったのですが、昨日、夕ご飯を食べているときに誤って舌をかんでまたそこが新たな口内炎になりつつあります（トーキング・ヘッドに憑かれたわけではない）。
今年は最後まで（肉体的に）痛い一年でした・・・

年末はアヴドゥルさん論文を修正していました。
種の豊富さの評価やハビタット間での種構成の違いを評価するためにEstimateSというソフトウェアを使っていたんですが、微妙に使いこなせていなかったことが分かりました。
EstimateSでハビタット間でどれくらい種構成が違うかを評価する指数があるんですが、この指数はサンプリングが十分でないことによる影響を補正した値と補正していない値の両方が計算できているんですね。
深く考えずに前者だけで検討していました。
あと、ブートストラップで95%信頼区間も出せる。
論文でやったやり方が間違いだったわけではないですが、データのあいまいさもちゃんと評価するという意味では明らかに不十分だったように思います。
他にも改善すべき箇所は色々あるので、まだしばらく悪戦苦闘しそうな感じです。
論文は少々新規性がなくてもやっぱり手堅い仕事で書くのが一番楽ですね（つまらないと言えばつまらないですが）。
その意味では、これが終わったら書く予定にしているオニイグチ類の記載論文はかなり楽に書けそうな気がします（査読にもトラブルは少ないでしょう）。

それでは皆様よいお年を。

そんな・・・あっけなすぎる！

ちょっと前にMolecular Ecologyに投稿していた論文ですが、返事が返ってきました。
やたら返事が早いと思ったら、リジェクトでしたorz
結構頑張って書いた論文だったのですが、アヴドゥルさんのようにあっけなく逝ってしまって無念です。

つけられたいちゃもんはある程度は想定の範囲内でした。
大体は解析の問題についてした。
事実、今回の論文は解析にあらがあるのも確かなんですが、改善のしようがないところもあるんですよね。
これまでにない切り口でやったということをちゃんと評価してもらえたら低い評価にはなるまいと思っていたのですが、アイデア面では全く評価してもらえませんでした（というか、理解してもらえなかった？）。
突かれると痛いようなところから、本質的でないようなところまでいろいろ突かれました。
しかし、気になったのは、査読者の誤読が結構多かったことですね。
今回のように、従来の研究で用いられていないような手法を用いた研究の場合は誤読する確率が飛躍的に高まるんでしょうかね。
でも、査読する以上は、誤読がないかよくよくチェックした上で最終的な答弁を書いてもらいたいなと思いました。
また、査読者が不勉強なところについて、憶測で批判するのもやめて欲しいなと思いました。
不勉強ならちゃんと勉強してからコメントするか、せめて分からないならコメントを控えるかにしてほしいです（まぁ言っていることが根本的に間違っているわけではないですけどね）。
使った解析方法はちゃんと引用論文も示してあるので、それを読めばある程度理解できるはずなんですが・・・
うーん、あまり言うと、単なる愚痴になりますね。
実は、初回の投稿時にリジェクトになったのは今回が初なので、こういったことにまだ耐性がついていないのかもしれません。
まぁ査読者に面白さが分かってもらえなかったのなら、リジェクトは仕方ないでしょう。
しかし、今回は同じリジェクトでも、あまり建設的なコメントがもらえなかったのは痛かったです。
よかったのは、レスポンスが極めて早かったことだけですね。

しかし、アヴドゥルさんといえば、3回ほどあっけなく死ぬ運命にあるわけですが（SBR1巻のは死んでいないけど、ある意味死んだ）、この論文はどうなるんでしょうね。
次の投稿先ですが、MolEcoの編集者・査読者からは「菌類の専門誌に出せや」という意見をもらいましたが、それが妥当な落としどころかもしれません（そういえば、前回落とされたときも同じこと言われたかも。でも、前回は従わずMPEに出した）。
より幅広い層の読者に読んでもらうため、これまで記載論文以外は菌類の専門誌に投稿するのを避けていましたが、今回の話は思いっきりキノコの話なので、菌類の雑誌でよいかもなぁという気もしてきました。
菌関係以外であえて言えば、American Journal of Botanyあたりか？
といっても、あの雑誌は本来は植物の専門誌で（植物の専門誌にしては広い範囲をカバーしているとも言えますが)、かつMolEcoと違ってレスポンスが遅い可能性もあるんで微妙なんですよね。
再投稿は年明けになると思うので、もう少し迷ってみます。

痛い

しばらく空きましたが、またブログを更新します。

先週末に行った例の胆石の手術について報告します。
手術前日にCTで撮った写真を見たのですが、胆嚢の入り口が完全に胆石で詰まっていて、すでに胆嚢が機能しない状態になっていたらしい。
前に入院したとき以来、ときどきお腹の辺りがキリキリ痛んでしんどかったのですが、たぶんそれが原因だったんでしょうね。
それで、先週末に腹腔鏡で胆嚢を切り取る手術を行いました。
手術は無事成功して、切り取った胆嚢の写真と、中に入っていた胆石を見せてもらいました。
私の場合は白くて柔らかい胆石だったみたいで、こんな程度のものがあれだけの苦痛を伴うものなのかと思いました。
手術後は少しだけ入院していたのですが、けっこうお腹の傷跡が痛くてしんどかったです。
また、腹腔鏡手術時にお腹に入れた炭酸ガスは肩から抜けていくんですが、その際にけっこう肩がひどく痛むんですよね。
この肩の痛みもけっこうしんどかったです。
あと、これは私の場合に特有かもしれませんが、元々、口内炎で口の中が荒れていたときに手術をしたものだから、ただでさえ悪かった口内炎がさらに悪化して大変なことになりました（たぶん手術時に口の中がかなり乾燥したので、それがいけなかった）。
最祖5箇所程度だった口内炎が、10～20箇所程度になりました。
唇に出来るやつはまだましで、性質が悪いのは舌に出来るやつと、口蓋垂（のどちんこ）に出来るやつです。
特に後者は何かを飲み込む度に激痛が走ってかなり厄介です。
まぁそんな感じですが、一応、当初の予定通りすぐに退院しました。

とりあえず、現在はまだ療養中で、肩の痛みはかなりましになってきて、お腹は動いたり咳をしたりすると痛くて、口の中はものすごく痛いです。
まぁつまり口内炎が一番厄介というよくわからない状況です。
食欲は普通にあって、食事制限もないのでちゃんとした食事を食べたいのですが、この口の中の痛みのせいでここ最近は食事を取るのがかなりしんどい感じです。
何を食べても痛いですが、特に酸味のあるものがしんどいです。
かといって何も食べないのはいけないので、少しずつ食べ物を口に入れ、食べ物を飲み込んだあとには水ですぐにのどをすすぐということでかろうじて乗り切っています。
いつもなら10分程度で済む食事が1時間以上かかるというめんどうなことになっています。
一応、耳鼻科に行って口内炎の薬はもらってきたので、これから少しずつ改善していくのかなぁって感じです（喉の奥はめんぼうで薬を塗っています）。
当初は21日から復帰予定だったのですが、苦しかったので24日復帰ということで変更しました。
しかし、この分だと24日にもちゃんと復帰できるんだろうかとちょっと心配になりますね。

どうか諸君も思い出していただきたい。Toadstoolがその気になれば、次の更新は10年20年後も可能だろうということを。

最近、急に増えだした閲覧者の皆さんは何を思ってここに来ているんでしょうね。

財務省主導で行っている事業仕分けですが、冷静に考えてみると、これって政府の思惑通りに事が進んでいるんでしょうかね？
財務省の方としては、手間暇かけて工作した甲斐もあって思惑通りに事を進められて大満足でしょうが、果たして民主党の思い描く方向に行っているのかどうか。
今回の事業仕分けで、若手研究に関する事業をはじめ、様々な事業が削減・廃止が決議されてきましたが、これは民主党の意志というより、あくまで財務省の意志なんですよね。
なぜなら、事業仕分けに組み込まれた事業の選別は100%財務省が行っていますし、今回の仕分け会議自体も財務省がマニュアル作りなどをして万全の道筋を作っているので、仕分け人は（無意識的に）財務省が作ったレールの上を走っているに過ぎないからです。
財務省は前から、特別研究員事業、若手研究の科研費、グローバルCOEや大学の運営交付金を目の敵にしていたので、財務省の判断だと考えれば納得はいくんですよね。
民主党は若手支援を増やしていくとか、大学の運営交付金の削減をやめるとかいっていたような気がしますが、事業仕分けが財務省主導で進んでいる限りは、民主党の意志通りの方向性に進んでいるとは限らないわけです。
要は、財務省の意図と民主党の意図が同じでない限り、突き崩せる隙はあるはずです。
そういった意味で、たとえば、過去の民主党の発言との矛盾点を突いていくというのは効果的かもしれませんね。
まぁとりあえず、意見書出すところからかなぁ？（中々、無視されない形での案ってのが難しいなと思いますが）

昨日の論文の話ですが、高頻度で無性生殖による繁殖をする生物のFstは、やはり有性生殖の生物の場合と同じように考えるのはまずいみたいですね（元々、常識的に考えてそうですけど）。
ざっと探してみたら、そういう論文がいくつか出てきました。
かといって、私自身もざっと論文を読んで大まかに理解しただけなので、具体的にどういった手法を取るべきかと聞かれても判断に迷うわけなんですけどね（もうちょっと頑張って調べるべきか？）。
ああ、そろそろ自分のことに専念しないと・・・

論文と言えば、先週、屋久島産キノコのITSを解読した研究の論文をMolecular Ecologyに投稿してみました。
ITSの塩基配列の類似度が高いものを暫定的に同種と扱って、種の豊富さとか、生態的分化とかを出した研究です。
あと、Blast Searchをかけて、屋久島にあったキノコと同じ種のキノコがどこに分布してそうかというのも調べてみたりしました。
細かいデータについてはここでは話しませんが、全体的に出てきたデータとしてはそれなりに面白いですし、DNA barcodingにつなげられる側面もあるので、受ける人には受けるはず・・・（手法に関してはまだ荒いところがけっこうあるかもしれません）
しかし、Molecular Ecologyといえば、過去にマイナーリビジョンからリジェクトを食らったトラウマのような雑誌ですが、あえてそこに投稿するあたりは我ながらマゾの領域かもしれません（そしてたぶん同じエディターにまわる）。
現状ではまだ査読者すら決まっていない段階ですが、どうなるんでしょうかねぇ？
まぁ「リジェクトなんてありませんよ、ファンタジーやメルヘンじゃあないんですから」って感じです。